اتهمت مصادر في المعارضة السورية نظام الرئيس بشار الأسد باغتيال البوطي. وأوضح الشـيخ محمد ابو الهدي اليعـقوبي المعارض للنظام في حديث الى صحيفة "الأهرام" المصرية أن "البوطي كان عـلى وشك الانشقاق واننا نعمل منذ مدة على إقناعه بذلك. وصادف أن استشهدت حفيدة له في قصف النظام لمدينة عربين فاجتمعت عدة عوامل أقنعته أخيرا بأنه كان على خطأ وكان ينوي إعلان موقـفه و الهجوم على النظام ولكن يبدو ان النظام وضع أجهزة تنصت حوله فاتخذ القرار بالتخلص منه علي عجل, وقال اننا لا نعتقد أن الجيش الحر او جبهة النصـرة يمكن ان يقوما بمثل ذلك.
وأضاف المصدر أن "العملية جاءت بعد أنباء تسربت عن نية عائلته السفر خارج سوريا، لذا فان النظام سعي الي اغتياله خوفا من انشقاقه وتغيير موقفه". وأضاف المصدر ان "كل الدروس التي يلقيها البوطي تسجل بكاميرات التليفزيون السوري وكاميرات جامع الايمان وتبث علي قناة نور الشام,فلماذا لم يظهر تسجيل كاميرات المسجد والتلفزيون؟".
وتساءل المصدر قائلا: "كيف ظهر على التلفزيون السوري بعد التفجير بخمس دقائق شريط فيديو يحكي عن حياة البوطي يحتاج لساعات من الاعداد قبلها؟.
وهل يعقل أن يقتل الجيش الحر العلامة البوطي وسط مسجد ومعه عشرات القتلي من الأبرياء في حين أن الجيش يحتفظ بضباط كبار أسري لديه ولم يقتلهم مثل مدير فرع الأمن السياسي والمدير العسكري ومحافظ الرقة وغيرهم؟.
